据了解，目前南疆农业占经济总量近30%。农业和农副产物加工是南疆的优势产业，相当一个时期内仍然是南疆的主导产业。但是，当前农产物价格已全面高于国际市场，棉花国际市场价格持续走低、国内目标价格连续下调，林果已大面积进入盛果期、价格下移行压力加大，南疆农业发展面临挑战。
会议上，自治区提出，要找准南疆农业真正的优势，打好绿色、生态、有机牌，瞄准中高端市场、避开低端竞争，重视利用南疆光照时间长的优势，发展设施农业，特别是戈壁温室大棚。
新疆将以增加南疆农民收入为核心，加快调整农业结构。支持退减棉田改种优质牧草和青贮玉米，支持果园套种苜蓿等饲料作物，以畜牧业提供的有机肥，确保南疆有机农业的品牌品质。同时还要重视开发农业多种功能，向农业深度和广度进军，大力发展休闲观光农业、创意农业、大力发展林下经济，特别要发挥好南疆农户庭院较大的优势，把庭院经济发展好，使之成为农民增收的"聚宝盆"。
纺织服装产业对南疆就业具有重大意义，会议要求要用好中央和自治区的特殊支持政策，加大招商引资力度，建设好阿克苏纺织工业城、喀什经济开发区和阿拉尔开发区、草湖产业园区等纺织园区，坚持百万人就业目标不动摇，努力把纺织服装发展成南疆的重要支柱产业。
南疆的手工地毯、艾德莱斯绸等民族特色手工业，维吾尔医药、特色清真食品等都是有一定优势的产业，要找准市场定位，突出民族、手工等特色，融入现代理念和现代元素，做出规模和水平。
推动南疆产业发展，要选好抓手和突破口。会议指出，要坚持大公司引领带动，全面提升南疆产业运作的理念和水平。要积极吸引中央公司投资南疆，支持他们发挥带头作用，鼓励引导援疆省市适合南疆特点、可带动就业的大公司进入南疆。要抓好喀什经济开发区和各类园区，打造南疆产业的"增长极"，努力形成一批集聚效应明显的新型工业化示范基地和中小公司集群。同时要抓好产业集聚能力强的重点城镇，按照"产城融合、宜居宜业"的要求，促进人口和产业适度集中。
